Физиотерапија се обавља у шест засебних јединица: физиотерапијски блок „А“ одељења ( цереброваскуларна обољења ); физиотерапијски блок „Б“ одељења ( повреде и обољења кичме ); физиотерапијски блок „Ц“ одељења ( вертебрологија и реуматологија ); физиотерапијски блок „Д“ одељења ( дечја патологија ); физиотерапијски блок у згради терапије радом ( амбулантно – поликлинички пацијенти ); физиотерапијски блок у згради наменски грађеној за терапије – велика физиосала ( интерни пацијенти трауме и реуматологија ). Физиотерапијски блокови су наменски опремљени према потребама пацијената, столови, струњаче, разбоји, шведске мердевине, пулиапарати, косе равни, статички бицикли, тренажери, осцилаторни столови, степенице, рамови за суспензију, рамови за тракцију, ситни реквизити, а у дечијој физиосали и пригодни спортски реквизити и функционалне играчке. У салама се спроводе и рекреативне активности са елементима спорта и игре. Спорт, као јединство физичке активности и емоционалног задовољства, организован је на наменским теренима у парку Клинике. У свим поменутим физиотерапијским јединицама методологија је јединствена и обавља се индивидуално, а по потреби и групно. План рада доноси лекар специјалиста физикалне медицине и рехабилитације, а спроводи се уз сталну комуникацију између лекара и физиотерапеута. Све промене настале у току третмана се региструју одговарајућим тестовима, у виду усвојених образаца и извештаја и прилажу у медицинску документацију.
Битан сегмент рада је оцена радне способности, која се обавља за пацијенте у амбулантно – поликлиничкој служби и пацијенте Клинике после завршеног болничког лечења.