Hidroterapija se u Klinici sprovodi u dve odvojene jedinice: u centru za prevenciju i u hidrobloku na dečjem odeljenju. Centar za prevenciju sadrži opremu za pružanje savremenih hidroprocedura. Poseduje kade za podvodnu masažu, vaskulator, četvoroćelijske kupke i saunu. Sprovode se procedure sa hidromasažama po refleksnim zonama, manuelna masaža, manuelne mobilizacione tehnike kičmenog stuba po autorima Karen – Prip i Dzon Blekman, akupunktura i limfna drenaža. Sve navedene procedure sprovode se uz prateći kineziterapijski program, koji se obavlja u savremeno opremljenoj sali u okviru centra. Hidroblok na dečjem odeljenju renoviran je u 2001. godini, sadrži Habard kadu za decu do određenog uzrasta i bazen dimenzija 7 x 4 m i dubine 60 do 90 cm. Pored obavljanja terapije, u ovom bazenu deci se pruža mogućnost učenja plivanja. Na ovom odeljenju je započeo svoju plivačku karijeru Nenad Krišaković, olimpijski invalidski šampion u plivanju.
